UNIGE document Doctoral Thesis
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Title

Interfacing sequences and structures of proteins: applications to protein annotation and sequence feature visualization

Author
Directors
Michielin, O.
Defense Thèse de doctorat : Univ. Genève, 2009 - Sc. 4147 - 2009/10/16
Abstract L'annotation présente dans UniProtKB (UniProt Knowledgebase) et les structures 3D dans PDB (Protein Data Bank) sont des sources de données importantes et complémentaires pour décrire la fonction et les caractéristiques des protéines. D'une part, une fraction de l'annotation séquentielle présente dans UniProtKB est générée à partir de données structurales. D'autre part, le transfert d'annotations séquentielles sur les structures peut souvent fournir un niveau supérieur de compréhension quant à leur rôle fonctionnel. Dans ces deux cas, il faut avoir recours à une interface séquence-structure. Le sujet principal de cette thèse a été de créer une plateforme qui permette de manipuler ensemble séquences et structures de protéines, dans le but de simplifier et d'aider à réaliser les deux types de transfert d'information cités plus haut. L'élément fondamental d'un tel système est une table de correspondance (ou mapping) bidirectionnelle et à jour entre les séquences et les structures de protéines.
Abstract UniProtKB (UniProt Knowledgebase) annotation and 3D-structures in PDB (Protein Data Bank) bring important and complementary information related to protein features and function. On one hand, part of the annotation of protein features present in UniProtKB is imported from 3D structural data. On the other hand, the transfer of sequential protein features to structures provides often an additional level of understanding about protein function. Both of these tasks require an interface between sequences and structures. The main subject of this thesis is to create an integrated platform to allow easy interplay between protein sequences and structures in order to simplify and help scientists in the two tasks previously cited. The foundation of such system is a unique, bidirectional and up-to-date mapping between sequences and structures.
Keywords 3D structureProtein sequenceMappingUniProtKBUniProtKB/Swiss-ProtPDBDatabaseCurationMappingSSMapSAALSAProtéineBase de donnéesAnnotation
Identifiers
URN: urn:nbn:ch:unige-238313
Full text
Thesis (2.2 MB) - public document Free access
Structures
Research groups CALIPHO (80)
Swiss Institute of Bioinformatics
Citation
(ISO format)
DAVID, Fabrice Pierre André. Interfacing sequences and structures of proteins: applications to protein annotation and sequence feature visualization. Université de Genève. Thèse, 2009. https://archive-ouverte.unige.ch/unige:23831

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Deposited on : 2012-11-07

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