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Mise en évidence de régions génomiques potentiellement sélectionnées dans des populations humaines de l'Afrique sahélienne par des méthodes de scan basées sur la statistique EHH («Extended Haplotype Homozygosity»)

ContributorsSchulthess, Johan
Master program titleTravail de maitrise universitaire bidisciplinaire, majeure biologie, mineure mathématique
Defense date2020
Abstract

L'identification de régions génomiques ayant évolué sous l'action de pressions sélectives est un des enjeux majeurs de la recherche en génétique des populations, et de nombreuses méthodes statistiques ont été développées dans ce but. Le travail présente le contexte théorique dans lequel quatre de ces méthodes s'inscrivent et les problématiques qui leur sont liées. Les méthodes présentées sont toutes basées sur un scan génomique estimant la variation du déséquilibre de liaison, mesuré par la statistique EHH ("Extended Haplotype Homozygosity"), développée au début des années 2000 (Sabeti et al. 2002). Deux de ces méthodes, les tests iHS et XP-EHH, sont appliquées à des génomes humains échantillonnés dans quatorze populations du Sahel. Le travail explore différentes applications de ces méthodes, et discute des régions génomiques pour lesquelles le signal retourné par ces tests est extrême par rapport au reste du génome.

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Keywords
  • Neutralité sélective
  • Scan génomique
  • Test XP-EHH
  • Test iHS
  • Mesure Extended Haplotype Homozygosity (EHH)
Citation (ISO format)
SCHULTHESS, Johan. Mise en évidence de régions génomiques potentiellement sélectionnées dans des populations humaines de l’Afrique sahélienne par des méthodes de scan basées sur la statistique EHH («Extended Haplotype Homozygosity»). 2020.
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Master thesis
accessLevelRestricted
Identifiers
  • PID : unige:138581
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Technical informations

Creation07/13/2020 1:38:00 PM
First validation07/13/2020 1:38:00 PM
Update time03/15/2023 10:20:01 PM
Status update03/15/2023 10:20:01 PM
Last indexation01/29/2024 10:15:00 PM
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