Mise en évidence de régions génomiques potentiellement sélectionnées dans des populations humaines de l'Afrique sahélienne par des méthodes de scan basées sur la statistique EHH («Extended Haplotype Homozygosity»)

Diplôme Master Mise en évidence de régions génomiques potentiellement sélectionnées dans des populations humaines de l'Afrique sahélienne par des méthodes de scan basées sur la statistique EHH («Extended Haplotype Homozygosity») fre 2020 author Schulthess Johan 726934 director Poloni Estella S. 0000-0002-8465-003X 24418 L'identification de régions génomiques ayant évolué sous l'action de pressions sélectives est un des enjeux majeurs de la recherche en génétique des populations, et de nombreuses méthodes statistiques ont été développées dans ce but. Le travail présente le contexte théorique dans lequel quatre de ces méthodes s'inscrivent et les problématiques qui leur sont liées. Les méthodes présentées sont toutes basées sur un scan génomique estimant la variation du déséquilibre de liaison, mesuré par la statistique EHH ("Extended Haplotype Homozygosity"), développée au début des années 2000 (Sabeti et al. 2002). Deux de ces méthodes, les tests iHS et XP-EHH, sont appliquées à des génomes humains échantillonnés dans quatorze populations du Sahel. Le travail explore différentes applications de ces méthodes, et discute des régions génomiques pour lesquelles le signal retourné par ces tests est extrême par rapport au reste du génome. Neutralité sélective Scan génomique Test XP-EHH Test iHS Mesure Extended Haplotype Homozygosity (EHH) Dewey 590 Travail de maitrise universitaire bidisciplinaire, majeure biologie, mineure mathématique 44 Département de génétique et évolution 162 false 1247 Groupe Poloni 1056 Unité d'anthropologie 8a7aa6a2-4168-44d6-be9d-5b769e4013ca Master thesis Restricted tdmJS.pdf 3049677 application/pdf restrictedAccess Faculté des sciences / Section de biologie / Département de génétique et évolution

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Mise en évidence de régions génomiques potentiellement sélectionnées dans des populations humaines de l'Afrique sahélienne par des méthodes de scan basées sur la statistique EHH («Extended Haplotype Homozygosity»)				2020	92	6

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Schulthess, Johan