Cette thèse présente une nouvelle approche de la mesure de la distribution de taille et de la cinétique d'agrégation des colloïdes dans les eaux naturelles de surface continentale. Ce travail se compose d'une section méthodologique consacrée à l'étalonnage de l'instrument, le "Single particle counter" (SPC) suivie d'une section dédiée aux mesures dans différents systèmes aquatiques naturels. Le travail méthodologique montre que le SPC est adapté à la mesure d'échantillons naturels (limite de quantification, saturation, répétitivité). Des expériences de laboratoire menées sur des échantillons d'eau du Léman ont permis d'estimer le coefficient d'adhésion des colloïdes (α=0,1) et de connaître l'effet des exsudats algaux sur la cinétique d'agrégation. Diverses expériences de terrain ont abouti, dans le Léman, à la mesure du profil de concentration des colloïdes (0-60m), dans la Vistule (Pologne), à mettre en évidence l'effet de la salinité naturelle du fleuve sur la cinétique d'agrégation des colloïdes.