Pour comprendre la distribution et le transfert des métaux lourds à l'interface eau douce - eau salée sous climat sub-aride, les métaux Pb, Zn, Cu, Ni et Cr ont été analysés dans les sédiments superficiels et dans deux carottes prélevées au niveau de la slikke de l'estuaire de l'oued Souss qui est soumis en plus au rejet d'un effluent urbain. La comparaison des concentrations en métaux dans les matières en suspension fluviatiles, celles de l'effluent urbain et dans les sédiments superficiels du bas estuaire montre que Cr et Ni ont une origine lithogénique alors que Pb, Zn et Cu auraient une origine anthropique. Les teneurs de la majorité des métaux montrent un appauvrissement vers l'aval en comparaison avec le fond géochimique naturel. Cet appauvrissement a été expliqué par un phénomène de solubilisation des métaux liés à la phase particulaire et au balayage par les courants de marées des particules sédimentées sur la slikke et appauvries en métaux. La distribution des teneurs en métaux dans les carottes montre un enrichissement dans les horizons à granulométrie fine attribué une migration des métaux par diagenèse précoce et leurs rétention dans les couches argileuses, et aussi probablement au contrôle par les conditions oxydo-réductrices du milieu. L'estuaire du Souss ne joue pas donc un rôle de piége vis-à-vis des métaux polluants comme c'est le cas de nombreux estuaires des zones tempérées. Par contre, la colonne sédimentaire de la slikke enregistre une légère augmentation des teneurs en éléments métalliques qui pourraient constituer un risque pour la vie aquatique et pour la salubrité des plages environnantes, en cas de changement des conditions physico-chimiques du milieu.