Cette thèse s'intéresse à la diversité génétique des chimpanzés de l'Ouest pour deux familles de gènes, le Complexe Majeur d'Histocompatibilité et les Arylamines N-acétyltransférases. Pour les gènes du CMH, jouant un rôle clé dans la réponse immunitaire adaptative, notre travail a révélé un pattern de diversité inter-loci similaire entre humains et chimpanzés, mais aussi des différences significatives de diversité. Les gènes NAT, codant pour des enzymes impliquées dans la détoxification et/ou l'activation des xénobiotiques, ont une organisation identique chez les deux espèces mais présentent des différences de diversité génétique significatives très marquées. Ces résultats nous indiquent que ces familles de gènes ont eu une histoire évolutive différente dans les deux espèces. Pour les gènes CMH, les patterns de diversité observés révèlent des signatures génétiques complémentaires résultant vraisemblablement d'un balayage sélectif dû à l'action d'un pathogène particulier suivi de sélection balancée sans doute induite par co-évolution avec des pathogènes. Pour les gènes NAT, par contre, les différences observées résulteraient d'interactions avec des environnements xénobiotiques différents durant l'évolution des deux espèces.