L'annotation attachée aux données génomiques représente une aide considérable pour la compréhension de la fonction des gènes. Des méthodes ont été développées pour augmenter l'efficacité, l'étendue, la fiabilité et la cohérence de l'annotation des protéomes procaryotes au sein de la base de connaissances Swiss-Prot. La superposition de méthodes automatisées au processus d'annotation classique n'amène aucune réduction de qualité mais rend au contraire les données plus cohérentes et reproductibles. La complémentarité entre l'expertise des annotateurs et des méthodes automatiques a été maximisée en utilisant un système de règles d'annotation maintenues manuellement. Des outils ont été créés pour maximiser le débit du travail des experts travaillant sur la base de connaissance et un système automatique permet l'annotation de sous-ensembles particuliers des protéomes procaryotes. Le système a été ensuite étendu pour gérer également les protéines d'origine eucaryote et pour annoter partiellement des protéines complexes sur la base de leurs domaines et sites fonctionnels.