Les "staphylococcus aureus" résistants à la méthicilline (SARM) ont longtemps été considérés comme des pathogènes hospitaliers. Des études récentes montrent son émergence au sein de la communauté. L'identification de marqueurs génétiques spécifiques de ces populations est indispensable pour la compréhension de l'épidémiologie des SARM. Nous avons utilisé un microarray couvrant > 99% des quatre génomes de S. aureus séquencés afin d'évaluer le contenu génomique complet des SARM hospitaliers et communautaires. Nous avons comparé cette approche avec d'autres méthodes de typage moléculaire, l'antibiogramme, le toxinogramme et le type d'élément conférant à la résistance à la méthicilline, sur une collection de 15 souches cliniques. Le contenu des différents clusters obtenus par les différentes méthodes est très conservé. Cependant seuls les microarrays permettent d'identifier des marqueurs spécifiques de l'origine des souches. L'approche par microarrays nous a aussi permis de définir pour les 2 populations de staphylocoques des gènes ou régions chromosomiques spécifiques, issues de transferts horizontaux.