Cette thèse est constituée de deux parties dont le fil conducteur est le traitement de données de séquençage à haut débit générées par les technologies NGS. Dans la première partie, j'ai étudié la génomique d'un parasite protozoaire du genre Leishmania, responsable de la leishmaniose. L'espèce L. guyanensis cause des maladies cutanées et mucocutanées. Nous avons séquencé et analysé six lignées de cette espèce qui se distinguent selon le phénotype de la maladie et la présence d'un virus infectant le parasite. Nos résultats ont démontré une variabilité élevée dans les lignées qui ne sont pas liés à l'infection virale. Dans un projet secondaire, l'aspect quantitatif des données à haut débit a été étudié pour déterminer le nombre relatif de plasmides à partir du séquençage complet d'une bactérie. En conclusion, j'ai réussi à appliquer un large éventail d'approches bioinformatiques pour répondre aux différentes questions biologiques à partir du séquençage complet des génomes microbiens.