Next generation sequencing bioinformatics for the analysis of whole microbial genomes

Diplôme Thèse Next generation sequencing bioinformatics for the analysis of whole microbial genomes eng 2012-12-04 author Calderon Copete Sandra 587173 director Appel Ron David 22305 director Xenarios Ioannis 767135 director Falquet Laurent 26690 10.13097/archive-ouverte/unige:26680 urn:nbn:ch:unige-266801 Sc. 4517 Cette thèse est constituée de deux parties dont le fil conducteur est le traitement de données de séquençage à haut débit générées par les technologies NGS. Dans la première partie, j'ai étudié la génomique d'un parasite protozoaire du genre Leishmania, responsable de la leishmaniose. L'espèce L. guyanensis cause des maladies cutanées et mucocutanées. Nous avons séquencé et analysé six lignées de cette espèce qui se distinguent selon le phénotype de la maladie et la présence d'un virus infectant le parasite. Nos résultats ont démontré une variabilité élevée dans les lignées qui ne sont pas liés à l'infection virale. Dans un projet secondaire, l'aspect quantitatif des données à haut débit a été étudié pour déterminer le nombre relatif de plasmides à partir du séquençage complet d'une bactérie. En conclusion, j'ai réussi à appliquer un large éventail d'approches bioinformatiques pour répondre aux différentes questions biologiques à partir du séquençage complet des génomes microbiens. Next generation sequencing Bioinformatics Genome Leishmania genomes Comparative genomics Dewey 025.063 13 Centre universitaire d'informatique 0D3 32 Département d'informatique 18 false 405b9ec3-ed88-49e8-9c17-4f861cf66d82 Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) 545591df-ac6b-4f60-974f-902520738583 Thesis Restricted SC_Thesis_final.pdf 5534786 application/pdf Private 2013-10-28 d3679f57959dbc6360ba2b2fd78c7eb37b3c39f008491867ef41cb77f491ad7c 89cdd6c4-298c-4024-a53e-eeeb64c81164 Supplemental data Restricted Appendices_I-XIII.xls 4511232 application/vnd.ms-excel Private 2013-10-28 4ea44feebd0d9e0d3c4d16c6bc4e61df4e6ca2a595e28df15b483a81aa57d1a8 restrictedAccess Centres et instituts / Centre universitaire d'informatique Faculté des sciences / Département d'informatique

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Next generation sequencing bioinformatics for the analysis of whole microbial genomes				2012	1,105	0

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Calderon Copete, Sandra