L’œuvre du prêtre et microscopiste amateur Johann Conrad Eichhorn (1718-1790) se situe à la marge du discours scientifique de la fin du XVIII e siècle. Résolument ancrée dans une pratique d’observation individuelle – qui se traduit également par le choix de donner des noms vernaculaires aux animalcules observés –, elle n’est appréciée des contemporains et des historiens de la science que pour la qualité de ses dessins. Cet article propose d’étudier cette œuvre non pas sous l’angle d’une histoire des découvertes ou du progrès scientifique, mais en mettant en avant les traits caractéristiques de son ‘discours réflexif’ (Jutta Schickore) sur la microscopie. Cette attention portée aux choix du langage et aux dispositifs visuels des deux livres publiés par Eichhorn permet de montrer que la particularité de son œuvre ne se situe pas seulement au niveau de son amateurisme un peu anachronique, mais surtout dans une volonté d’inscrire sa recherche dans une vision physico-théologique du monde. Cette vision lui permet, en outre, d’aborder la microscopie des ‘petits animaux aquatiques’ à la fois comme un problème cognitif et un défi de communication (Marc Ratcliff).