La présente thèse propose d'évaluer la place de l'électrophorèse capillaire (CE) couplée à un spectromètre de masse à temps de vol (TOF/MS) pour l'analyse de protéines d'intérêt pharmaceutique. En effet, vu le nombre croissant de nouveaux médicaments protéiques, il est intéressant de voir quel rôle la CE-MS peut tenir. Le travail de thèse a consisté en des études fondamentales (phénomènes d'adsorption et principes de quantification des protéines) et des applications dans divers domaines (forensique, dopage, contrôle qualité). La première section consiste en une présentation des sujets abordés. Elle comprend une introduction aux protéines d'intérêt pharmaceutique et aux techniques analytiques couramment employées. La deuxième section regroupe des travaux bibliographiques ainsi que l'ensemble des résultats obtenus durant cette thèse sous la forme de six articles rédigés en anglais et publiés dans des journaux scientifiques. Les conclusions et perspectives sont présentées dans la troisième section. La quatrième section contient différentes annexes.