Escherichia coli est une bactérie Gram-négative commensale du microbiote intestinal humain mais elle peut également être un redoutable pathogène. Les oxydants, aussi appelés dérivés réactifs de l’oxygène, et plus spécifiquement le peroxyde d’hydrogène (H₂O₂), possèdent un rôle cliniquement relevant sur la pathogenèse bactérienne. Au moins deux mécanismes de défense emploient du H₂O₂ pour prévenir les infections bactériennes. Premièrement, la production de H₂O₂ par des espèces de Lactobacillus appartenant à la flore normale du vagin, de l’intestin et du tractus urinaire prévient la colonisation de ces sites par des pathogènes. Deuxièmement, du H₂O₂ est produit pendant l’explosion oxydative des phagocytes, une étape clé dans la destruction des microbes par le système immunitaire inné.

Le but de ce projet de thèse est d’étudier l’effet du H₂O₂ sur E. coli en utilisant des méthodes de séquençage de nouvelle génération pour identifier: i) les changements de l’expression génique induites par le H₂O₂ ainsi que ii) les gènes impliqués dans la tolérance bactérienne au H₂O₂ et iii) d'analyser la sensibilité de différents isolats cliniques d'E. coli envers différentes sources de stress oxydatif.