L'analyse qualitative ou quantitative des protéines par spectrométrie de masse (MS) se fait, dans la majorité des cas, en travaillant sur les peptides issus de leur digestion par une protéase. La protéase la plus populaire en protéomique reste la trypsine qui clive la chaine peptidique de manière spécifique après un résidu K ou R. Les peptides sont ensuite analysés par spectrométrie de masse après une étape de séparation. Aujourd'hui l'analyse MS en mode tandem (avec fragmentation) est utilisée de manière très majoritaire car elle permet d'obtenir des informations sur la séquence des peptides (identification). L'utilisation du triple quadrupole permet quant à elle de quantifier, lorsqu'il est utilisé en mode SRM (Selected Reaction Monitoring). Nous utilisons dans notre laboratoire un triple quadrupole équipé d'une source MALDI à haute vélocité. Cette configuration permet d'atteindre un débit de travail important ainsi qu'une grande flexibilité dans l'utilisation. Le MALDI produit des ions monochargés, or il se trouve que les peptides monochargés fragmentent mal à basse énergie (< 250 eV). L'utilisation d'agents de dérivatisation (induisant une sulfonation en N-terminal) améliore de manière spectaculaire la fragmentation de ces peptides. Nous avons récemment remis au goût du jour cette technique pour la quantification de peptides utilisant la spectrométrie de masse en mode tandem avec ionisation MALDI. Une des limites de cette méthode est que les peptides finissant par une lysine ne sont plus utilisables. En effet l'agent de dérivatisation réagit avec l'amine primaire de la lysine. Le but du travail est d'évaluer différents agents de dérivatisation et d'affiner les conditions de réaction (pH, température, type de tampon et durée de réaction). L'étudiant travaillera aussi sur la meilleure manière de conserver les peptides finissant par une lysine. On peut envisager une réaction de guanidination qui convertit la lysine en arginine ou un travail sur le pH lors de la dérivatisation (le pKa de l'amine primaire en N-terminal du peptide et sur la chaine latérale de la lysine n'étant pas le même).