Fragmentation assistée chimiquement des peptides par spectrométrie de masse sur un triple quadripôle avec ionisation MALDI : optimisation de la dérivatisation au SPITC et étude de la stabilité des peptides

Diplôme Master Fragmentation assistée chimiquement des peptides par spectrométrie de masse sur un triple quadripôle avec ionisation MALDI : optimisation de la dérivatisation au SPITC et étude de la stabilité des peptides fre 2011 author Burnier Stéphanie Annie Thérèse 632120 director Lesur Antoine 665138 director Hopfgartner Gerard 0000-0002-9087-606X 31827 L'analyse qualitative ou quantitative des protéines par spectrométrie de masse (MS) se fait, dans la majorité des cas, en travaillant sur les peptides issus de leur digestion par une protéase. La protéase la plus populaire en protéomique reste la trypsine qui clive la chaine peptidique de manière spécifique après un résidu K ou R. Les peptides sont ensuite analysés par spectrométrie de masse après une étape de séparation. Aujourd'hui l'analyse MS en mode tandem (avec fragmentation) est utilisée de manière très majoritaire car elle permet d'obtenir des informations sur la séquence des peptides (identification). L'utilisation du triple quadrupole permet quant à elle de quantifier, lorsqu'il est utilisé en mode SRM (Selected Reaction Monitoring). Nous utilisons dans notre laboratoire un triple quadrupole équipé d'une source MALDI à haute vélocité. Cette configuration permet d'atteindre un débit de travail important ainsi qu'une grande flexibilité dans l'utilisation. Le MALDI produit des ions monochargés, or il se trouve que les peptides monochargés fragmentent mal à basse énergie (< 250 eV). L'utilisation d'agents de dérivatisation (induisant une sulfonation en N-terminal) améliore de manière spectaculaire la fragmentation de ces peptides. Nous avons récemment remis au goût du jour cette technique pour la quantification de peptides utilisant la spectrométrie de masse en mode tandem avec ionisation MALDI. Une des limites de cette méthode est que les peptides finissant par une lysine ne sont plus utilisables. En effet l'agent de dérivatisation réagit avec l'amine primaire de la lysine. Le but du travail est d'évaluer différents agents de dérivatisation et d'affiner les conditions de réaction (pH, température, type de tampon et durée de réaction). L'étudiant travaillera aussi sur la meilleure manière de conserver les peptides finissant par une lysine. On peut envisager une réaction de guanidination qui convertit la lysine en arginine ou un travail sur le pH lors de la dérivatisation (le pKa de l'amine primaire en N-terminal du peptide et sur la chaine latérale de la lysine n'étant pas le même). Spectrométrie de masse Peptide Sulfonation MALDI Fragmentation Dewey 615 Maitrise universitaire en pharmacie 31 Section des sciences pharmaceutiques 17 false 046977b5-45e9-4c1e-92ef-886dad4b8377 Master thesis Restricted TPR_Burnier_Stephanie.pdf 1832236 application/pdf restrictedAccess Faculté des sciences / Section des sciences pharmaceutiques

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Fragmentation assistée chimiquement des peptides par spectrométrie de masse sur un triple quadripôle avec ionisation MALDI : optimisation de la dérivatisation au SPITC et étude de la stabilité des peptides				2011	403	1

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Burnier, Stéphanie Annie Thérèse