Les mesures mises en place pour lutter contre la pandémie de Covid-19 impactent fortement de nombreux programmes de lutte contre plusieurs autres maladies infectieuses en Afrique. Les perturbations des chaînes d'approvisionnement en médicaments et matériel, l'interruption des thérapies, ou encore la sous-détection des nouveaux cas produisent un excès de morbidité et de mortalité lié à de nombreuses autres maladies, dont notamment le VIH, le paludisme et la tuberculose. Ces impacts indirects pourraient s'avérer finalement bien plus importants que les impacts directs liés à la pandémie actuelle de Covid-19. Des mesures d'atténuation de ces impacts indirects sont en cours, mais nécessitent pour la plupart d'avoir accès à des données de qualité et à jour sur l'état des services de santé.