Notre recherche porte sur l'étude des démarches d'investigation scientifique mises en oeuvre en classe par les collégiens français et plus particulièrement sur l'articulation de ces démarches avec les autres savoirs composant la structure disciplinaire en Sciences de la Vie et de la Terre. Le présent article expose, à travers un exemple, certains des éléments de notre méthode de recherche qui s'appuie sur une recherche de type descriptif et de nature mixte à combinaison séquentielle. Trois types d'instrumentation sont mis en oeuvre pour recueillir les données: un questionnaire, des entrevues semi-dirigées et des observations de séances de classe. Les données obtenues sont traitées et analysées, à l'aide d'outils statistiques et à partir d'une catégorisation thématique des unités de sens.