La transplantation de microbiote fécal (TMF), intervention reconnue comme sûre et efficace pour la prise en charge des infections à Clostridium difficile récidivantes, est actuellement étudiée pour d'autres indications. Celles-ci impliquent en général une inflammation chronique, un trouble métabolique ou une autoimmunité, dans lesquels le microbiote intestinal semble jouer un rôle-clé. Nous détaillons ici, selon leur degré de preuve, les indications supposées où la TMF a été testée chez l'homme. Hormis pour la colite ulcéreuse et le syndrome métabolique, la méthodologie des essais parus à ce jour est souvent critiquable et inhomogène. D'autres essais randomisés versus placebo ainsi qu'une standardisation de la pratique seront nécessaires pour confirmer ces résultats préliminaires, mais néanmoins fort encourageants.