Cet article étudie l'organisation réelle des savoirs scolaires par l'enseignant et, au cœur de celle-ci, sa manière d'appréhender les difficultés d'apprentissage des élèves. Nous éprouverons l'hypothèse d'un effet du rapport au savoir de l'enseignant sur cette organisation particulière. Dans le cadre d'une recherche doctorale portant sur l'influence du rapport au savoir des enseignants de l'école primaire sur leurs pratiques pédagogiques, notre propos se focalisera sur des extraits d'observation d'une séquence d'enseignement de la préhistoire par un praticien genevois. Il abordera le problème en posant trois questions exploratoires et interdépendantes : quelle est l'organisation singulière, par cet enseignant, des savoirs relatifs à la préhistoire à l'intérieur des activités ? Dans cette organisation singulière, quelle forme prend l'activité cognitive des élèves pour qui les rapports identitaires, cognitifs ou épistémiques au savoir peuvent présenter des difficultés? Dans quelle mesure le rapport au savoir de l'enseignant observé a-t-il un effet sur son organisation des savoirs enseignés, sur le sens des apprentissages proposés et sur la prévention et/ou le traitement des difficultés ?