La pneumonie à Pneumocystis jirovecii (PcP) atteint les patients immunosupprimés. La prophylaxie par cotrimoxazole est efficace et ses indications chez les patients infectés par le VIH sont bien établies. Chez les patients non VIH, le pronostic est plus sombre et les examens diagnostiques sont de plus faible sensibilité. Les recommandations de prophylaxie en hématologie, en oncologie et lors de transplantation d'organes solides sont basées sur des avis d'experts. En milieu rhumatologique, l'incidence de PcP est principalement liée à l'administration de corticostéroïdes. Certaines maladies inflammatoires, un taux de lymphocytes CD4 bas et l'administration d'anti-TNFα, de rituximab ou de cyclophosphamide augmenteraient le risque. L'immunosuppression pour les maladies inflammatoires de l'intestin ne semble pas justifier une prophylaxie.