Phylogenomics for regional biodiversity assessments in Switzerland

Diplôme Thèse Phylogenomics for regional biodiversity assessments in Switzerland eng 2025-05-12 2025-06-03 author Miche Sébastien 754443 Département des sciences végétales (BIVEG) director Perret Mathieu 0000-0003-2021-114X 120893 Département des sciences végétales (BIVEG) director Naciri Yamama 0000-0001-6784-8565 503270 Département des sciences végétales (BIVEG) 249 10.13097/archive-ouverte/unige:185988 urn:nbn:ch:unige-1859881 Sc. Vie 343 Biodiversity is declining at alarming rates and requires urgent conservation measures for maintaining ecosystem functionality. Despite its importance, the phylogenetic aspect of biodiversity is often neglected. The objective of this doctoral thesis was to provide a phylogenomic framework for the regional flora of the Geneva canton in Switzerland, and use it to complement ongoing biodiversity assessments. Here, we proposed a complete methodology and used it to generate a highly resolved phylogenetic tree comprising most of the 1,098 flowering plant species composing the regional flora. This phylogenetic framework was then used to estimate the loss of evolutionary history caused by the human-mediated transformation of the landscape. Further, the phylogeny-based approach has allowed the identification of priority species, areas, and habitats to mitigate future losses of evolutionary history. Finally, we found that urbanization decreases phylogenetic richness but increases phylogenetic turnover across plant communities in the Geneva agglomeration. <p>La biodiversité décline à une vitesse alarmante, et des mesures de conservation urgentes sont requises pour maintenir la fonctionnalité des écosystèmes. Malgré son importance, l’aspect phylogénétique de la biodiversité est souvent négligé. L’objectif de cette thèse de doctorat était de fournir une ressource phylogénétique pour la flore régionale du canton de Genève en Suisse, et de l’utiliser pour complémenter des stratégies d’évaluation de la biodiversité existantes. Nous avons proposé et utilisé une méthodologie complète pour générer un arbre phylogénétique hautement résolu comprenant la plupart des 1'098 espèces d’angiospermes composant la flore régionale. Cette ressource a permis d’estimer la perte d’histoire évolutive associée aux transformations du paysage d’origine humaine. Cette approche phylogénétique nous a également renseigné sur les espèces, zones et milieux prioritaires pour la conservation de l’histoire évolutive de la flore régionale, afin d’atténuer son déclin. Enfin, nos recherches ont démontré que l’urbanisation diminuait la richesse phylogénétique, mais augmentait le changement de composition phylogénétique entre les communautés végétales de l’agglomération genevoise.</p> Phylogenomics Biodiversity Geneva Switzerland EDGE Angiosperms353 Gene capture Flora Phylogenetic diversity Dewey 580 45 Département des sciences végétales 163 false d3a9ec07-8b71-4d2c-af54-3b45f3dbff48 Thesis Public Thesis_SMiche_Final_combined.pdf 36315768 application/pdf CC BY-4.0 Private 2026-06-30 60e793c4860474148651b399538175817ce9bac25ecce75e10a7f76604e53f1b c57546ed-be05-4b8e-a41f-91beaa54a16b Appendix Public Appendix_Thesis_SMiche.zip 117772354 application/zip CC BY-4.0 Private 2026-06-30 Supporting data and information for the thesis e9310ed86141b3d1ee2dde8584afa26ac9cd46f6f59bcdea604d3435c7acc14e b3400d6d-0689-4f99-99a3-256cce4fdc0e Imprimatur Public Imprimatur_Thèse_SMiche.pdf 43392 application/pdf 0f7e0cc71441d11880ea1349f27ec59f87c9fa2fa96678a0a80130815b48a06a Vignette Public thumbnail_thesis.png 432742 image/png openAccess Faculté des sciences / Section de biologie / Département des sciences végétales

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Phylogenomics for regional biodiversity assessments in Switzerland	2025	176	5
Exploration de la diversité des rhizobia symbiotiques de Lotus corniculatus dans des prairies suisses	2018	148	10

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Miche, Sébastien

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