La modération des peines, emblème des réformateurs du droit de la deuxième moitié du XVIIIe siècle, a trouvé un écho retentissant dans le cadre de la justice militaire avec l'abolition de la peine de mort pour désertion simple promulguée en France à la fin de 1775. Comment comprendre cette évolution de la justice pénale des armées? Quelle est la relation entre théorie et pratique pénale, c'est-à-dire quels sont les effets de telles ordonnances sur les tribunaux militaires? Cet article étudie la répression de la désertion à Genève, juridiction largement influencée par la jurisprudence absolutiste. Il ressort d'abord que l'évolution de la pénalité militaire s'inscrit dans la volonté utilitaire et pragmatique de toujours mieux contrôler les troupes, plus que dans un souci d'humanité souvent exagéré par les historiens du militaire. De plus, il apparaît que les régimes punitifs mis en oeuvre dépendent autant de la réévaluation du lien entre soldat et état que de la culture juridique, elle aussi en mutation.