En s'appuyant sur les données PISA Suisse 2009, cet article se concentre sur les modes de scolarisation des élèves migrants de deuxième génération et leurs conséquences au plan des inégalités d'acquis scolaires. Nos résultats indiquent qu'à la fin de la scolarité obligatoire les écarts entre élèves natifs et de deuxième génération restent prononcés en termes d'acquis scolaires et d'accès aux filières les plus exigeantes. Nous montrons ensuite que les cantons où la relégation des élèves de deuxième génération dans les filières les moins exigeantes est la plus marquée sont aussi ceux où les inégalités d'acquis par rapport aux natifs sont les plus importantes.