Comment rendre compte des inégalités d'acquis scolaires liées aux parcours migratoires des élèves et de leur famille ? Pour certains auteurs, ces inégalités seraient la conséquence de « discontinuités culturelles » entre les élèves de milieu populaire et/ou migrants et l'école elle-même. Ce type d'explication a longtemps été hégémonique en France. On peut cependant aussi les expliquer par des discriminations systémiques. À partir d'une analyse secondaire des données PISA 2003 et 2012 pour la France, cet article vise à mettre à l'épreuve des faits ces deux univers interprétatifs afin de rendre compte des inégalités scolaires liées au statut migratoire des élèves, l'hypothèse centrale étant qu'il existe un lien entre l'accentuation de la ségrégation scolaire des migrants d'une part et l'évolution des inégalités d'acquis de l'autre.