En marge des grands royaumes Hindo-bouddhistes de Sriwijaya, Majapahit et Malayu, des peuples autochtones vivaient dans les forêts, les montagnes, les plateaux. Ces peuples avaient une religion qualifiée de « primitive » fondée sur le culte des ancêtres et les esprits de la Nature, un fond culturel commun qu'ils partageaient de Bondowoso (Java Est) à Toba (Sumatra Nord) en passant par Sukabumi, Kuningan, Lampung, Pasemah, Jambi et Minangkabau pour les régions les plus étudiées. Grâce aux échanges de ressources et de services avec les royaumes Hindo-bouddhistes, les peuples autochtones acquirent des biens de prestige entrainant une compétition sociale. L'émergence de chefs précéda la création originale de monuments mégalithiques. Ceux-ci servaient à inhumer les défunts, honorer, commémorer et/ou communiquer avec les ancêtres. Pour ces peuples qui n'utilisaient pas l'écriture, ces pierres, brutes ou taillées, marquaient le paysage et transmettaient la mémoire des Hommes d'une génération à l'autre. A Java, Sumatra (centre et sud) et Sulawesi (centre : Lore Lindu), les monuments mégalithiques cessèrent d'être érigés dès que les royaumes Hindo-bouddhistes perdirent leur puissance. L'utilisation des mégalithes s'est diffusée plus tardivement dans les îles de Sumba, Flores, Nias, Sumatra Nord (Toba) et Sulawesi Centre (Tanah Toraja) lors de l'arrivée des marchands européens. Malgré des conversions massives au Catholicisme et au Protestantisme à Sumba, Flores, Toba, Tanah Toraja et à Nias cette tradition ancestrale est restée vivante. Les études ethno-anthropologiques de ces régions (tirage des pierres, construction des monuments, traitement des défunts, cérémonies) complètent avantageusement les travaux archéologiques menés sur les monuments mégalithiques abandonnés depuis plusieurs siècles dans le reste de l'Archipel indonésien.