Ce travail a pour objectif de décrire la diversité des foraminifères de deux côtés du passage de Drake grâce à une vue d'ensemble morphologique et deux approches moléculaires: le séquençage de cellules isolées (SCS) et le metabarcoding. L'analyse des foraminifères à une loge (monothalames) est au centre de notre recherche. Les foraminifères ont été récoltés dans le canal de Beagle lors d'une expédition en février 2013. Nous avons trouvé environ 143 morphotypes différents. Plus de la moitié des 58 morphotypes de monothalames étaient de type inconnu. Cette analyse morphologique a été complétée par le séquençage de cellules isolées, où nous avons inclut des échantillons de deux sites de l'Antarctique, McMurdo et Rothera. La seconde approche, le séquençage de l'ADN environnemental isolé à partir des échantillons de sédiments a montré que les monothalames dominent la plupart des communautés de foraminifères, en accord avec des études similaires effectuées dans d'autres régions. Nous avons comparé les résultats obtenus lors du séquençage de cellules isolées aux résultats du metabarcoding. Les deux approches donnent des résultats similaires lorsque des cellules isolées de monothalames ont été récoltées en grand nombre. Par contre, nos analyses montrent que les foraminifères à plusieurs loges de la classe Globothalamea ne sont pas bien détectés par le protocole actuel utilisé pour le metabarcoding. Nous terminons cette première partie en comparant la distribution des foraminifères tels qu'ils ont été détectés par les deux différentes approches. Les deux approches – le SCS et le metabarcoding – montrent que les communautés de foraminifères sont plus similaires entre les deux régions considérées de l'Antarctique qu'entre les communautés des sites antarctiques et ceux du canal de Beagle. Par contre le SCS et le metabarcoding donnent des estimations différentes sur le taux d'endémisme des foraminifères antarctiques. Le SCS présente un taux d'endémisme plus élevé (78%) alors que le résultat du metabarcoding montre que 66% des espèces de foraminifères sont endémiques de l'Antarctique. Dans la deuxième partie du travail, nous décrivons une nouvelle espèce de foraminifères, Psammophaga fuegia. Avec 526 spécimens trouvés dans 9 sites de la région du canal de Beagle, c'est une des espèces de monothalames la plus abondante et la plus répandue de cette région. Psammophaga fuegia est un membre typique du genre Psammophaga mais génétiquement elle est très différente des autres espèces connues de ce genre.