La zone alluviale des grands fleuves peut renfermer une grande diversité d'écosystèmes terrestres et aquatiques dont l'origine réside en majeure partie dans une variété d'âges et de styles géomorphologiques témoins du dynamisme passé du cours d'eau. Cette diversité de conditions d'habitat est le support d'une grande richesse de communautés végétales et animales. Cette biodiversité exceptionnelle est menacée par les corrections fluviales réalisées dès le XVIIIéme siècle et les barrages hydroélectriques implantés depuis le milieu du XXème siècle. Parmi les styles géomorphologiques, le méandrage et dans une mesure moindre l'anastomose, conduisent, par le recoupement et l'abandon de portions du cours actif, à la formation de plans d'eau de vaste taille (les "oxbow lakes" anglo-saxons ou "mortes" du système rhodanien). Dans la zone alluviale du Rhône, ces formes relictuelles témoignent d'une activité passée du fleuve, avant que le style à méandres n'ait été remplacé par un style en tresse. Ces milieux aquatiques sont donc les plus anciens dans la plaine alluviale et se situent sur les marges de celle-ci. Peu ou plus du tout influencés par le fleuve, ces milieux sont principalement régis par des processus autogènes (production et accumulation locale de matière organique) et évoluent lentement vers des milieux semi-aquatiques et terrestres, ainsi leur durée de vie peut atteindre plusieurs siècles (4-5 siècles). Actuellement il n'existe plus que dix "Mortes" sur l'ensemble du Rhône (9 sur le Haut-Rhône français et 1 en Suisse dans le canton de Genève). Quatre d'entre elles ont été étudiées lors de ce master: la Morte de Brégnier, la Sauge, l'Eau Morte et la Morte de Glandieu. Toutes sont situées dans le secteur de Brégnier-Cordon entre Genève et Lyon, à l'extrémité du Bugey. L'objectif de ce travail est d'effectuer une comparaison de ces milieux selon deux dimensions : 1) une dimension spatiale visant à comparer l'état écologique actuel (2002-2006) des quatre Mortes, dans le contexte des autres types de milieux abandonnés par le Rhône dans le même secteur. 2) une dimension temporelle visant à comparer cet état actuel avec des données acquises il y a un quart de siècle (1981-1983) sur les mêmes milieux. Les descripteurs mis en oeuvre pour ces comparaisons concernent la physico-chimie de l'eau, la teneur en matière organique des sédiments superficiels, la végétation et la macrofaune aquatiques. L'évaluation écologique a permis de montrer l'originalité des associations végétales et animales des Mortes par rapport aux autres habitats aquatiques de la plaine alluviale, mais également de mettre en évidence une dégradation de l'ensemble de ces milieux depuis les années 80. La Sauge est le milieu qui s'est le mieux maintenu en état au cours du dernier quart de siècle. Les compositions faunistique et floristique n'indiquent pas de changement majeur. Le bilan positif de ce milieu est renforcé par la présence à densité élevée de l'espèce patrimoniale Anisus vorticulus. Ce gastéropode est listé dans la Directive «Habitats» européenne. Actuellement cette morte est la seule du secteur à disposer d'un statut de protection. La Morte de Brégnier est la seule des quatre étudiées à pouvoir être considérée comme mésotrophe (les trois autres pouvant être considérées comme eutrophes). Ceci peut résulter de la présence d'une source à l'amont qui favorise un renouvellement des eaux plus important que pour les autres Mortes. Cet effet est d'ailleurs confirmé par un écart thermique été-hiver moindre en regard des autres Mortes. La perte floristique en 25 ans ne révèle pas de dégradation trop importante. La Morte de Glandieu se distingue des autres Mortes par un apport hydrique souterrain moins important, révélé par une amplitude thermique été-hiver plus marquée. Les pertes floristique et faunistique sont importantes et indiquent une dégradation non négligeable depuis les années 80. Le gastéropode non-indigène Gyraulus parvus est installé en abondance. Les résultats de l'Eau Morte révèlent une dégradation plus marquée que pour les trois autres Mortes. Des pertes floristiques et faunistiques maximales sont accentuées par la disparition en 25 ans de deux espèces patrimoniales : le gastéropode A. vorticulus et l'hydrophyte Hydrocharis morsus-ranae qui conservent des populations notables dans la Morte de Glandieu et dans la Sauge. Les mortes du système rhodanien sont des écosystèmes relictuels rares dont les conditions de régénération naturelle ne sont plus réunies. Elles peuvent héberger des espèces patrimoniales menacées à l'échelle européenne. Face aux dégradations observées depuis un quart de siècle, leur protection, voir l'amélioration de leur condition, sont des objectifs souhaitables. Ils peuvent être atteints notamment par la limitation de l'emploi de fertilisants et de pesticides dans les terrains avoisinants ou la préservation des ripisylves.