La biodiversité dans les plaines alluviales est principalement structurée par la dynamique fluviale et la connectivité hydrologique entre les différents milieux terrestres et aquatiques. Cependant, de nombreux auteurs postulent une influence de la productivité de ces milieux sur les variations de la biodiversité observée. Cinq annexes fluviales appartenant à la plaine alluviale du Rhône court-circuité dans le secteur de Belley ont été choisies pour y tester la relation entre la biodiversité, la productivité et la connectivité. La biodiversité a été étudiée à travers la richesse spécifique et l'abondance relative de trois groupe de taxons : les mollusques gastéropodes, les insectes éphéméroptères, plécoptères et trichoptères (EPT) et les macrophytes aquatiques. La productivité primaire dans les différents sites a été évaluée à travers deux groupes de végétaux : le périphyton se développant sur des supports artificiels et les macrophytes aquatiques submergés en place dans les milieux. Les connectivités latérales et souterraines entre les différents sites et le fleuve ont été évaluées par la mesure horaire du niveau d'eau et de la température durant onze mois ainsi que par des mesures mensuelles de la turbidité, de la conductivité, du phosphore et des différentes formes de l'azote (azote ammoniacal, nitrites, nitrates). Nos résultats montrent que la grande complexité des milieux étudiés est générée notamment, par la diversité des sources d'eau qui les alimentent. Nous observons aussi que certains paramètres clés ont un effet déterminant sur les communautés. La fréquence et l'intensité des perturbations provoquées par les crues modulent ainsi fortement le développement des macrophytes. Les mesures de la productivité montrent que les différents sites présentent deux fonctionnements trophiques distincts. Les milieux plus déconnectés sont dominés par la production autogène de matière organique alors que la production des milieux plus connectés au fleuve dépend principalement des échanges avec le reste de la plaine alluviale. Des difficultés ont étés rencontrées à différents niveaux. La connectivité hydrologique est un concept multidimensionnel complexe. Elle n'a malheureusement pas pu être caractérisée de la façon la plus complète. Le dispositif expérimental pilote servant à mesurer la croissance du périphyton a présenté la caractéristique inattendue d'accumuler les particules fines en suspension. Cet effet a occulté la croissance du périphyton durant la totalité de l'année dans un des sites et durant une grande partie de l'année dans les autres. Quelques propositions visant à améliorer la caractérisation de la connectivité et de la productivité dans les milieux alluviaux sont donc proposées.