Dans les écosystèmes aquatiques, la restauration de la connectivité verticale, l'amélioration des échanges entre l'eau souterraine et l'eau de surface, est un enjeu négligé. Les objectifs de ce travail sont: - L'évaluation de la connectivité verticale dans huit annexes fluviales du Haut-Rhône français - L'évaluation de la pertinence d'une méthode récente, utilisant des sticks en bois insérés dans les sédiments pour mesurer indirectement la connectivité verticale. - La proposition d'une méthode simple permettant d'estimer la connectivité verticale dans les écosystèmes alluviaux. Des mesures de concentration en oxygène dissous, de conductivité et de température ont été effectuées dans l'eau de surface et dans l'eau souterraine lors de trois campagnes, ainsi que l'utilisation de sticks en bois et de mesures continues de température. Les variables mesurées permettent de distinguer des sites ayant des fréquences de connexion au fleuve voisines ou des histoires comparables. Des différences de connectivité verticale peuvent être mises en évidence pour des sites dont les sédiments sont en majorité fins et organiques. Le gradient de connectivité verticale établit dans cette étude n'est pas indépendant du gradient de connectivité latérale. Les méthodes utilisées pour estimer la connectivité verticale ne donnent pas la même information. La méthode de Marmonier et al (2004) permet l'obtention rapide de résultats, mais ceux-ci donnent une information grossière. Ils ont tendance à suivre les différences de granulométrie qui sont influencées par le gradient de connectivité latérale. Parmi les variables physico-chimiques mesurées ponctuellement, l'écart entre la concentration en oxygène dissous dans l'eau souterraine et dans l'eau de surface semble un bon indicateur de la connectivité verticale. Toutefois les variables les plus prometteuses, semblent être celles issues des mesures continues de température. Il est important de mettre en place des méthodes simples d'évaluation de la connectivité verticale permettant un suivi des effets des restaurations, mais aussi pour étudier les conséquences du réchauffement climatique sur les annexes fluviales.