Une analyse comparative des Diptères Syrphidae a été menée sur un ensemble de données issues d'études antérieures de plusieurs réserves naturelles de Haute–Savoie, d'Isère et du canton de Vaud, conduites entre 1995 et 2009. Sur une durée cumulée d'environ 200 semaines de capture et opérant pendant toute la période de vol, cinquante-deux pièges Malaises ont été installés dans l'ensemble des sites. Au total, 14'507 individus appartenant à 255 espèces de Syrphidae ont été collectés et déterminées par le Dr M.C.D. Speight (Dublin) et le Prof. P. Goeldlin (Lausanne). Deux approches ont été employées afin de mesurer et de comparer la qualité écologique relative des sites étudiés, une approche « classique » reposant sur des mesures de diversité à différentes échelles spatiales et une approche prédictive utilisant la base de données Syrph-the-Net. L'approche prédictive est basée sur la prédiction des espèces potentiellement associées aux habitats présents sur le site à évaluer. Selon les deux approches, les sites des Hauts de Chartreuse (Granier & Dent de Crolles) et les sites alluviaux de Haute-Savoie (Bout du lac & Delta de la Dranse) sont désignés comme ayant la qualité la plus élevée. A l'opposé, le site d'altitude « Calaveyron gradient » est désigné comme le site le plus dégradé. L'investigation au niveau des micro-habitats larvaires montre une sous-représentation des espèces associées à la strate herbacée et à la zone racinaire dans la majorité des sites d'études. L'effort d'échantillonnage, la surface couverte par les pièges représentent des paramètres expérimentaux qui influencent fortement les résultats observés. Pour des résultats comparables entre sites, nous suggérons ainsi une standardisation de l'effort d'échantillonnage. Il est vivement recommandé de pratiquer le diagnostic d'autres groupes taxonomiques dans l'ensemble des réserves afin de pouvoir confirmer ou infirmer la fiabilité des résultats obtenus dans cette présente étude.