1. Dans le cadre du suivi scientifique du programme décennal de restauration écologique et hydraulique du Rhône français, huit annexes fluviales (appelées lônes) ont été étudiées dans les secteurs de Belley et de Brégnier-Cordon afin de fournir un état de référence des milieux avant restauration. 2. La description des milieux a tenu compte des caractéristiques physico-chimiques des eaux, de la teneur en matière organique des sédiments, des communautés de macroinvertébrés aquatiques et de leur habitat. Les macroinvertébrés fournissent une gamme de renseignements sur la qualité, le fonctionnement et les modifications anthropiques du milieu. Une exploration des relations entre la macrofaune et leur habitat a été entreprise afin de modéliser la réponse biologique des macroinvertébrés aux modifications de leur habitat potentiellement induites par la restauration. 3. La macrofaune des huit annexes fluviales a été échantillonnée à deux dates au printemps et en été (2003 ou 2004) à l'aide d'une épuisette au sein d'un quadrat de 50cm par 50cm et la structure de l'habitat a été décrite à l'intérieur de ce même quadrat. Cette opération a été répétée à chaque date en 4 points dans des sites à l'amont et à l'aval de chaque annexe. Les prélèvements d'eau et de sédiment ont été effectués dans les mêmes sites en période hivernale. 4. Après tri, détermination et dénombrement des macroinvertébrés, les données récoltées ont permis de calculer plusieurs métriques exprimant la diversité biologique du milieu (richesse taxonomique, composition faunistique, statut des espèces), ainsi que certains aspects du fonctionnement des milieux (métriques basées sur les traits biologiques et écologiques des taxons). 5. La chimie des eaux et les teneurs en matière organique des sédiments montrent que ces milieux sont très influencés par le cours actif du Rhône et par les terrains agricoles avoisinants, les milieux étudiés sont donc dirigés par des processus allogènes dominants. Ces milieux constituent un ensemble diversifié en terme de composition faunistique. Cette diversification est régie par leur degré de connexion avec le cours actif du Rhône. L'analyse des traits révèle un fonctionnement relativement homogène entre les différentes annexes et au cours des saisons. Des espèces exogènes au système rhodanien (principalement des mollusques) sont présentes dans toutes les annexes, à l'exception d'un seul site. Certaines annexes représentent des sites très diversifiés en Coléoptères ou en Trichoptères. La modélisation des richesses taxonomiques en fonction de la structure de l'habitat conduit à des premiers résultats satisfaisants et encourageants, mais nécessite encore des améliorations. 6. Ce travail offre une description instantanée des milieux et de leur originalité avant restauration. Le suivi après travaux permettra d'entreprendre une description de l'évolution de leurs composantes abiotiques et biotiques et d'évaluer les conséquences des opérations de restauration sur la biodiversité aquatique. Une attention particulière devra être apportée au suivi des espèces exogènes au système rhodanien.