L'agrégation ou non des collïdes aquatiques détermine le transport des polluants et des composés vitaux au sein des systèmes aquatiques. Le but de cette thèse est de mieux décrire les caractéristiques des colloïdes ainsi que leurs processus d'agrégations par simulation numériques. Un premier modèle Monte Carlo-Métropolis a été développé afin de mieux comprendre les processus de chargement des colloïdes inorganiques en tenant compte du pH, de la concentration ionique du milieu considéré, de la discontinuité diélectrique entre le colloïde et l'eau, de la répartition ainsi que des propriétés ampholytiques des sites de surface. Un second modèle Monte Carlo-Métropolis a été créé afin de mieux comprendre le rôle de la discontinuité diélectrique dans l'agrégation entre un biopolymère rigide chargé et un colloïde neutre. Un modèle de dynamique Brownienne a été créé afin de mieux comprendre les processus d'agrégation entre les colloïdes inorganiques, les acides fulviques et les biopolymères rigides.