La phylogénétique est une discipline scientifique qui a pour but de reconstruire l'histoire de l'évolution à partir des caractères d'organismes vivants ou de données fossiles. Depuis quelques décennies, l'utilisation de caractères moléculaires dans la phylogénétique est devenue incontournable. D'ailleurs, la phylogénétique prend aujourd'hui un rôle important dans l'analyse bioinformatique de toutes sortes de données moléculaires. Il existe un grand nombre de techniques de reconstruction phylogénétique, mais il reste un problème de complexité. Les méthodes modernes basées sur des modèles d'évolution explicites, nécessitent trop de calcul pour être utilisées sur des grands jeux de données. Cette thèse propose Anâtaxis, une nouvelle méthode de reconstruction phylogénétique rapide et capable d'analyser ces grands jeux de données. Elle a l'avantage de prendre en compte l'homoplasie et l'hétérogénéité des vitesses d'évolution entre les lignées. De plus, elle est capable d'opérer sur des données incomplètes ou incertaines.