Cette thèse introduit la notion des domaines collaborateurs, une approche structurée appliquée aux environnements inter-réseaux pour lesquels le choix d'une granularité fine n'est pas approprié. Elle montre comment la définition et, plus particulièrement, la collaboration de domaines se traduit par une plus grande flexibilité et évolutivité dans la gestion et la sécurité des applications distribuées. Ce travail se divise en deux parties. La première analyse l'impact des domaines collaborateurs dans la gestion de réseaux et des applications distribuées. Elle décrit une nouvelle architecture de gestion ainsi qu'un ensemble de scénarios implémentés pour illustrer ce concept. La deuxième partie de concentre sur les avantages de la séparation et la collaboration des domaines dans le déploiement de services de sécurité à des applications largement distribuées. Les protocoles cryptographiques qui constituent les blocs de base de ce modèle orienté domaine sont également proposés et comparés à leur équivalents bout en bout.