UNIGE document Doctoral Thesis
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Title

Data-independent mass spectrometry for the analysis of peptide mixture

Author
Directors
Defense Thèse de doctorat : Univ. Genève, 2015 - Sc. 4764 - 2015/01/19
Abstract La spectrométrie de masse en tandem couplé à la chromatographie liquide (LC-MS/MS) est largement utilisée pour identifier et quantifier les protéines. La méthode d'acquisition couramment utilisée est "l'échantillonnage dépendant des données" qui ne sélectionne que les peptides les plus abondants dans un échantillon. Pour faire face à cette sélection biaisée, une méthode alternative a été développée, dite "l'échantillonnage indépendant des données". Cette méthode, qui est de plus en plus utilisé, consiste à balayer systématiquement et de manière incrémentale une fenêtre de masse restreinte pour couvrir une gamme de masse donnée. Dans le cadre de ce travail, cette dernière méthode a été modifiée pour la quantification dirigée de certaines protéines. En définissant les fenêtres de masses à balayer systématiquement dans un spectromètre de masse de type piège à ion, les résultats ont montré que l’identification et la quantification de protéines sont possibles sur cinq ordres de grandeur dans un échantillon complexe.
Keywords LCMSLC-MS/MSData-independent acquisitionData-dependent acquisitionAlgorithmClusteringProtéine
Identifiers
URN: urn:nbn:ch:unige-473893
Full text
Thesis (10.1 MB) - public document Free access
Structures
Research group Protéomique clinique
Citation
(ISO format)
PAK, Hui Song. Data-independent mass spectrometry for the analysis of peptide mixture. Université de Genève. Thèse, 2015. https://archive-ouverte.unige.ch/unige:47389

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Deposited on : 2015-03-02

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