Dans cette étude, nous nous sommes intéressés au polymorphisme de trois marqueurs génétiques (Allotypes GM, HLA Classe II et ADNmt) au sein de trois isolats berbères (Chenini-Douiret, Matmata et Sened) localisés dans le Sud tunisien. Notre objectif est d'évaluer l'impact génétique des invasions qu'a connues la Tunisie après son peuplement berbère en estimant la diversité génétique de ces trois isolats et en comparant ces populations berbères à d'autres populations nord-africaines. Les résultats obtenus pour les trois systèmes sont conformes entre eux et montrent que, malgré leur proximité géographique et la communauté linguistique, les trois populations berbères du Sud tunisien sont génétiquement très différenciées entre elles. Cette différenciation pourrait être due à l'effet de leur isolement et de leur endogamie, conduisant à leur divergence rapide les unes des autres. Les Berbères de Chenini-Douiret, très peu diversifiés et très divergents du point de vue génétique quel que soit le marqueur étudié, constituent un isolat. Lorsque l'on compare ces groupes berbères avec d'autres populations nord-africaines, les populations berbères du Sud tunisien apparaissent plus hétérogènes que celles du Maroc et d'Algérie. Outre l'effet de la dérive génétique, cette diversité peut refléter des contributions génétiques inégales d'origines européenne, sub-saharienne et/ou moyen-orientale ayant eu lieu au cours de la préhistoire et de l'histoire. Ainsi, la population tunisienne, à l'instar de la population nord-africaine dans son ensemble, est en réalité une mosaïque de populations.