Cette thèse présente l'application du contrôle cohérent pour la discrimination et l'identification des biomolécules dans la phase condensée. Les expériences de contrôle cohérent sont effectuées dans le cadre de la discrimination optimale dynamique (ODD), qui est basée sur la modification de phase d'impulsions femtosecondes dans l'ultraviolet profond. L'objectif principal de ce travail est de démontrer que la fluorescence intrinsèque des acides aminés naturellement présents dans les protéines peut être utilisée comme indicateur pour leur dosage, ce qui permet d'éliminer l'utilisation de tout autre marqueur fluorescent supplémentaire. Dans la première partie, nous utilisons l'ODD pour moduler sélectivement l'extinction de la fluorescence des paires de dipeptides contenant du tryptophane: alanine-tryptophane, cyclo(glycine-tryptophane) et cyclo(leucine-tryptophane). Dans la deuxième partie, nous étendons l'approche ODD par l'application d'impulsions UV modulées en phase pour des protéines du plasma sanguin. Ces expériences montrent que notre approche pourrait être développée plus loin pour l'identification des protéines directement dans le plasma humain.