Les compléments alimentaires ne sont pas soumis à des contrôles qualités stricts et sont facilement accessibles. Partant de ces constatations, le Service de la consommation et des affaires vétérinaires de Genève fait régulièrement des campagnes d'analyses pour vérifier la qualité et l'innocuité de ces produits, en particulier les produits à base de plantes. Pour limiter le nombre d'analyses, une méthode LC-MS/MS générique et évolutive a été développée afin d'identifier un maximum de végétaux (90 plantes en juin 2014) en une seule analyse de 15 minutes. Pour cela, chaque plante a été associée à un ou plusieurs biomarqueurs, caractérisés par un temps de rétention, deux transitions de masse et trois spectres de masse générés à trois énergies de collision. Parallèlement à cette méthode générique, plusieurs méthodes spécifiques ont été mises au point et validées afin de détecter et quantifier des toxines naturelles. Des alcaloïdes pyrrolizidiniques hépatotoxiques ont été recherchés dans des thés et infusions dans le but d'étayer une évaluation des risques menée par l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires. Une autre méthode a été développée pour extraire et quantifier une toxine naturelle dans des anis étoilés. Différentes techniques de séparations chromatographiques et de détection (TOF-HRMS, TOF-HSMS, MS/MS) ont été utilisées pour confirmer la présence de caféine, et la quantifier dans des infusions à base de tilleul. Enfin, une technique de détection et de quantification par HPTLC couplée à la spectrophotométrie UV a été développée pour doser la sibutramine dans des compléments amaigrissants.