Cette thèse concerne principalement une implémentation numérique de la formulation de la méthode de la fonctionnelle de la densité basée sur les sous-systèmes (SFDFT) dans le logiciel deMon. En utilisant cette nouvelle implémentation, des investigations théoriques sur la méthode SFDFT, le développement des algorithmes numériques (l'intégration sur la grille et le calcul de la répulsion Coulombienne entre les électrons), des calculs sur les systèmes de référence pour mesurer la performance de la méthode et une application pour le mécanisme d'une réduction enzymatique par la "Desulfovibrio desulfuricans" nitrate réductase ont été effectués. De plus, deux études "standards", en utilisant la méthode de Kohn-Sham dans le domaine des modélisation des spectres IR et Raman ont été effectués.