La région des Trois Lacs est particulièrement riche en sites littoraux préhistoriques, leur étude et leur sauvegarde se révèle une priorité urgente. Diverses interventions, telles que la première Correction des eaux du Jura (1868-1880), ont conduit à l'abaissement du niveau des eaux des lacs. En conséquence, les conditions de conservation des vestiges des occupations littorales, connus depuis le milieu du XIXe siècle, se sont considérablement détériorées. En fonction de ce problème, un programme de prospection et de recherche a été entrepris en 1994, dans les cantons de Vaud et de Fribourg. Son but est de récolter la documentation la plus complète possible sur les établissements palafittiques des rives des lacs de Neuchâtel et de Morat. Ce programme se compose de trois parties ; tout d'abord le traitement et l'interprétation de la documentation ancienne, des observations de surface et des carottages pour reconnaître le substrat sur terre et dans le lac, enfin des observations en plongée dans les zones susceptible de conserver des vestiges. L'information ainsi récoltée est stockée dans une base de données, qui sera l'outil de planification principal pour évaluer la conservation des sites, les menaces qui pèsent sur eux et orienter leur étude systématique. La plupart des restes de sites littoraux identifiés sur les rives fribourgeoises du lac de Neuchâtel sont situées dans les zones riveraines des municipalités de Font et d'Estavayer-le-Lac. Beaucoup de ces stations sont datées entre le Néolithique moyen et la fin de l'âge du Bronze (4500-850 av. J.-C.). Dans le lac de Morat, la plupart des sites palafittiques appartiennent aux rives des communes de Greng et de Montilier. Pour certains établissements nous avons constaté l'importance de l'érosion survenue dès la première Correction des eaux du Jura ; pour les autres, nous pouvons proposer une reconstitution schématique du processus de destruction, en tenant compte leur état de conservation au moment de leur abandon. Il faudra attendre encore quelques années pour explorer complétement la rive sud du lac de Neuchâtel et les rives du lac de Morat. Cependant, nous avons déjà reconnu l'extension de la plupart des sites étudiés et évalué leur position en altitude au moment de leur occupation.