Datées entre 4200 et 3700 av. J.-C., les couches du Néolithique moyen II de la grotte du Gardon sont limitées essentiellement à la première salle. L'analyse spatiale par niveau d'occupation indique une utilisation de cet espace pour des activités domestiques en relation avec un habitat permanent ou semi-permanent. Cependant, la simplicité et la rareté des structures laissent supposer des occupations humaines de faible impact ne nécessitant que peu d'aménagements.