Les rétrotransposons représentent généralement une vaste portion des génomes eucaryotes mais sont normalement étroitement contrôlés par les mécanismes de régulation épigénétique de l'organisme hôte. Cependant, ceux-ci restent encore assez mal connus. Ce travail de thèse rapporte les résultats obtenus par l'étude, dans la plante modèle Arabidopsis thaliana, d'un rétrotransposon particulier appelé ONSEN. Chez les plantes exposées à une température de 37°C, ONSEN présente une forte activité transcriptionnelle et la synthèse d'ADN extra-chromosomal est détectée. De plus, de nouvelles copies de ONSEN sont visibles spécifiquement chez les descendants de mutants dont la «RdDM pathway» - la voie de méthylation de l'ADN dirigée par les petits ARNs - est non-fonctionnelle. Ce système a permis d'étudier spécifiquement la régulation de ce rétrotransposon chez Arabidopsis grâce à la combinaison de mutants épigénétiques et du suivi de l'évolution de différentes marques épigénétiques durant l'exposition des plantes aux hautes températures ainsi que de leurs descendants. Le potentiel évolutif de ces éléments mobiles a aussi été abordé.