L'intérêt archéologique de la grotte de l'Abbaye est relevé une première fois en 1903 par l'abbé Tournier et Charles. Dans les années 1960, Monsieur Jean Reymond y conduira de nouvelles investigations. Plus récemment, de 1993 à 2003, l'exploitation du gisement est reprise sous la direction de Jean-François Buard (Département d'anthropologie et d'écologie, Université de Genève). La stratigraphie de la grotte de l'Abbaye se présente comme suit : une séquence supérieure (ensembles stratigraphiques 1 à 7), une séquence intermédiaire (ensemble 8) et une séquence inférieure (ensembles 9 à 13). La séquence supérieure est relative aux périodes récentes de la préhistoire et de l'histoire : Néolithique, Âge du Bronze, premier Âge du Fer et époque romaine. La séquence inférieure est relative aux périodes plus anciennes : Mésolithique et fin du Paléolithique supérieur. La séquence intermédiaire les sépare. Elle n'a pas livré de niveau d'occupation anthropique.