L'évaluation des bactéries indicatrices de contamination fécale dans les lacs d'eau douce, et plus particulièrement l'occurrence de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les sédiments, est primordiale. Cet intérêt est lié au risque potentiel de remise en suspension des agents pathogènes qui peuvent affecter la qualité de l'eau et dès lors présenter des risques pour la santé humaine, par exemple lors d'activités récréatives et/ou suite à la consommation d'eau potable contaminée. Deux stratégies ont été développées pour l'étude de l'accumulation de ces bactéries dans les sédiments lacustres contaminés. La première approche consiste à extraire et à quantifier les bactéries indicatrices de contamination fécale (FIB), y compris Escherichia coli (E. coli) et Enterococcus spp (ENT) à partir d'échantillons de sédiments, suivi par la caractérisation de bacteroides spécifiques pour l'homme par PCR en utilisant des amorces spécifiques et par matrix-assisted laser desorption ionization- time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Une seconde approche est basée sur l'évaluation de la résistance multiple aux antibiotiques (MAR) à partir de FIB isolées. Malgré l'importance de cette thématique, de nombreuses questions restent en suspens, en particulier concernant le rôle des caractéristiques physico-chimiques des sédiments sur l'accumulation de FIB et les effets négatifs potentiels sur les écosystèmes et la santé humaine (risques de résistance aux antibiotiques FIB). Cet article présente un aperçu des méthodes récemment mises au point à l'Institut F.-A. Forel pour l'extraction et la quantification de FIB-MAR dans les carottes de sédiments prélèverecueillis dans la baie de Vidy qui est la zone la plus contaminée du Léman à cause des rejets des eaux traitées par la station d'épuration de la ville de Lausanne. Ces eaux usées proviennent de l'industrie, des hôpitaux et des activités domestiques. Notre recherche démontre que les sédiments qui se sont accumulés dans cette baie depuis 50 ans sont fortement contaminés et constituent un réservoir important de FIB, FIB-MAR et de gènes de résistance aux antibiotiques qui persistent dans les sédiments riches en matière organique.