A la fin du Néolithique moyen, deux villages partiellement contemporains aux traditions culturelles très différentes fonctionnent simultanément dans la baie de Concise. Le premier (E5), malheureusement très érodé, est daté entre 3570 et 3516 av. J.-C. Il est implanté en milieu humide et présente un mélange de céramiques NMB et Cortaillod. Le second (E6), de tradition exclusivement Cortaillod est implanté dans un milieu plus sec et a été fouillé sur une grande partie. Les plans complets de ce village daté entre 3543 et 3516 av. J.-C. permettent de comprendre la structuration de l'espace entre habitations, aires d'activité et chemins.