En même temps qu'il prend officiellement naissance, le concept juridique de crime contre l'humanité se "volatilise" pourtant dans le jugement du Tribunal de Nuremberg : alors même que, nouvellement défini, le concept aurait dû être opérationnalisé par les juges, il se voit au contraire considérablement restreint, au point de se trouver en définitive associé aux crimes de guerre et perdre sa spécificité. Le jugement de Nuremberg traduit l'idée d'un compromis : d'une part, le Tribunal admet et applique pleinement le nouveau principe de la responsabilité individuelle en recourant à une stratégie de type jusnaturaliste (même si elle est déguisée) afin de pouvoir procéder au jugement ; d'autre part, il fait du nouveau concept juridique de crime contre l'humanité le modeste reflet du concept, plus ancien et moins problématique, de crime de guerre, par voie d'interprétation restrictive. Dans tous les cas, les juges omettent de définir expressément les principes de souveraineté et de légalité, et ne se prononcent à aucun moment sur leur signification en droit international. Que leur démarche soit considérée comme éclectique ou confuse, elle illustre néanmoins la tension entre une volonté politique de punir et un réel souci de faire du Tribunal une juridiction internationale exemplaire, aussi respectueuse que possible des principes fondateurs de l'Etat moderne.