Dans ce travail, nous présentons les enjeux méthodologiques liés à la transcription auxquels nous sommes confrontés dans le projet « Interphonologie du français contemporain », dont l'objectif est de constituer une base de données orales de FLE issues d'apprenants de multiples L1 en ciblant spécifiquement le niveau phonético-phonologique. L'examen des premières données du projet, issues d'apprenants hispanophones et japonophones, souligne l'importance de confronter données et théorie dans une étape préliminaire afin de déterminer le mode et les modalités précises de transcription. Ce travail préalable peut certes paraître coûteux au premier abord, mais constitue une étape essentielle afin d'assurer la qualité des analyses qui seront ensuite effectuées sur le corpus.