Le genre bactérien Citrobacter spp., longtemps considéré comme une cause opportuniste d’infections, est de plus en plus impliqué dans les infections associées aux soins. Malgré cette émergence, son importance épidémiologique, ses profils de résistance aux antibiotiques et ses dynamiques de transmission restent insuffisamment documentés.
Cette thèse vise à améliorer la compréhension intégrée de l’épidémiologie de Citrobacter spp. en milieu hospitalier, en combinant une revue systématique et une méta-analyse, des données nationales suisses de surveillance microbiologique et une analyse génomique de souches cliniques.
Premièrement, une revue systématique et une méta-analyse portant sur les infections nosocomiales à Citrobacter spp. entre 2000 et 2022 ont inclus 41 études. Citrobacter freundii était l’espèce la plus fréquemment rapportée, notamment dans les infections urinaires et les bactériémies. Des proportions importantes de résistance à plusieurs classes d’antibiotiques, en particulier aux céphalosporines de troisième génération, ont été observées. Les données ont également mis en évidence une augmentation des épidémies hospitalières rapportées au cours de la dernière décennie.
Deuxièmement, l’analyse des données de surveillance ANRESIS, couvrant 33 958 patients dans 55 hôpitaux suisses entre 2010 et 2022, a montré une augmentation de l’incidence des bactériémies à Citrobacter spp. et des cultures urinaires positives. Les tendances étaient plus marquées chez les hommes, particulièrement ceux âgés de 65 ans et plus. L’incidence des bactériémies était significativement plus élevée dans la région germanophone que dans la région latine. C. freundii présentait des proportions de résistance plus élevées que les autres espèces, notamment aux céphalosporines de troisième génération et chez les patients admis en soins intensifs.
Troisièmement, l’analyse génomique de souches multirésistantes du complexe C. freundii, isolées aux Hôpitaux universitaires de Genève entre 2017 et 2022, a révélé une diversité clonale et plasmidique importante. Dix clusters nosocomiaux impliquant 35 patients ont été identifiés sur une durée médiane de 103 semaines. Ces résultats mettent en évidence des chaînes de transmission potentielles et la circulation de gènes de résistance et de plasmides entre différentes espèces de Citrobacter.
En conclusion, cette thèse souligne l’intérêt d’intégrer les données épidémiologiques, microbiologiques et génomiques dans les programmes de surveillance de l’antibiorésistance et de prévention et contrôle des infections. Elle soutient la prise en compte de Citrobacter spp., en particulier C. freundii, parmi les bactéries d’importance épidémiologique en milieu hospitalier.
