L’école laïque, telle qu’elle se met en place progressivement en Suisse au 19 e siècle, en intégrant la liberté de conscience dans l’enseignement, est une véritable révolution. Elle a notamment pour but de permettre à des enfants de religions ou confessions différentes de fréquenter les mêmes classes, comme le montre le cas des trois cantons protestants de Suisse romande, qui connaissent une diversité religieuse après 1800 : Vaud, Neuchâtel et Genève. Historiquement, ce modèle de neutralité confessionnelle de l’école émane pour partie des pédagogues chrétiens eux-mêmes, mais il n’est pourtant pas accepté par l’ensemble des autorités d’Église et a même été accusé de promouvoir « l’hérésie ». Cet article vise à comprendre le processus qui conduit à la laïcisation des contenus et du cadre scolaire tout en s’interrogeant sur les résistances rencontrées par l’analyse des attentes spirituelles, morales et dogmatiques des autorités chrétiennes. L’article vise à enrichir l’histoire du pluralisme, par la compréhension des solutions de vivre-ensemble et leurs limites.