La création d’une chaire d’histoire des religions en 1873 à l’Université de Genève intervient non seulement dans un contexte propice à l’innovation, du fait de la transformation de l’ancienne Académie de Genève en une université moderne en 1872, mais surtout à un moment de crise de la théologie protestante, avec une profonde mise en cause des fondements du christianisme. La recherche montre que l’histoire des religions, telle qu’elle se constitue au XIXe siècle, émerge d'un champ chrétien. Cet article s’appliquera à le définir, en saisissant quels sont les enjeux, pour les protagonistes genevois, d’une approche historique des religions. Cet article montrera en quoi la naissance de l’histoire des religions participe notamment des conflits idéologiques internes au monde protestant.